藥酒和保健酒均品種繁多、功效各異，多有滋補醫療功能，看似兩者很是想象，可差別卻很大。
所述類別不同
保健酒屬于“飲料酒”范疇，藥酒屬于“藥”的范疇；功能作用不同：保健酒主要用于調節生理機能，以保健、養生、健體為目的，滿足消費者的嗜好，藥酒主要用于治病，有其特定的醫療作用；
生產管理部門不同
保健酒由食品生產企業生產，由食品部門主管，產品質量不合格可以調整或回收；藥酒由藥廠生產，由藥品管理部門主管，產品質量不合格只能報廢；
配方和質量依據不同
藥酒的配方要經過嚴格的審批，要求有內在的有效成份為指標的質量標準；保健酒配方一般不需要審批，很少規定檢測其內在功效成份，但第三代保健酒要求有明確的功能因子；
適用人群和對象不同
保健酒對年齡和性別沒有特別嚴格的限制，主要使用對象是健康或亞健康人群；藥酒有針對性較強的適用人群，使用對象是患者，需要在醫生的處方或在專業人士的指導下服用；
銷售場所不同
保健酒主要在酒店、商場、超市等一般商品銷售場所銷售；藥酒主要在藥店或醫療場所銷售。
養生作用不同
健康的或亞健康的人喝保健酒，用于保健養生；患病的人喝藥酒，用于治病。另外，從藥酒的使用方法上分，可將藥酒分為內服、外用，既可內服又可外用的三大類。
廣大消費者在選擇藥酒或是保健酒的時候，一定要根據自己的需求，結合切身情況而定，最好根據醫生或是專家的建議選用。另外如果想要根治身體疾病，還需接受正規治療，藥酒亦或保健酒只起輔助作用，莫要延誤最佳治療時間。
