1987年，王軍被通化葡萄酒廠任命研究室副主任，主持科研業(yè)務工作，同年在吉林省食品工業(yè)協(xié)會主辦的露酒評委委員的招考中，被聘為省露酒評委；1988年，開發(fā)的低醇葡萄酒被評為全國輕工業(yè)優(yōu)秀新產(chǎn)品；l989年，開發(fā)的半甜紅葡萄酒獲吉林省科技進步二等獎；1991年，研制開發(fā)了山楂果茶、鮮祧果茶、以及紅孩兒系列果奶飲品。

　　1992年2月，王軍擔任公司技術副經(jīng)理，分管研究所、化驗中心、質(zhì)量檢查科、包裝裝潢科、葡萄園藝場幾個部門，負責公司的新產(chǎn)品開發(fā)，質(zhì)量管理等技術工作。1993年，開發(fā)了白蘭地產(chǎn)品——大元帥白蘭地。

　　1997年，公司由國有企業(yè)改制為股份制公司，王軍被任命公司副總經(jīng)理，重點抓產(chǎn)品開發(fā)、原料基地及技術管理等工作。在這一年開發(fā)了吉林省的重點科研項目——山葡萄干紅的研制，通化干紅葡萄酒成為市場上的搶手貨。而在這之前，王軍歷經(jīng)了9年的艱苦工作，帶領葡萄園藝場的一班人，成功地從野生山葡萄品系中選育出適宜家植的抗霜霉病的優(yōu)良釀酒品種“雙紅”山葡萄；并在這一年通過了農(nóng)業(yè)部的鑒定，超強的抗病特征、豐富的酚類物質(zhì)含量、獨特的感官表現(xiàn)以及豐滿的酒體結構使雙紅成為史上最優(yōu)秀的釀酒山葡萄品種之一，目前該品種在東北廣泛栽植，每年成為國內(nèi)各大廠家搶購的對象。

　　1998年，通化葡萄酒廠開發(fā)了爽口山葡萄酒，得到了市場的認可和廣大消費者的贊譽，單品的年銷售量達到4800噸，成為近幾年起泡葡萄酒市場的成功拓展案例，并掀起了全國葡萄酒行業(yè)的“爽口”潮流。1999年，根據(jù)市場的的變化和公司原料基地的特點開發(fā)了通化解百納干紅葡萄酒、赤霞珠千紅葡萄酒、霞多麗干白葡萄酒等品種，豐富了產(chǎn)品結構，擴大了市場。為下一步公司的上市提供了產(chǎn)品基礎。

　　2001年，王軍所在公司在上海證券交易所成功上市，公司的經(jīng)營和發(fā)展上了一個新的臺階，進入新的發(fā)展時期。此時王軍被任命為公司總經(jīng)理，協(xié)助董事長抓好公司的經(jīng)營生產(chǎn)等管理工作。在此工作期間，先后多次到法國、意大利等歐洲國家以及美國的加州NAPA谷學習國外先進的葡萄酒釀造技術和釀酒理念，拓展了視野、收獲了技藝；對王軍的釀酒人生可以說是獲益匪淺。這期間王軍先后在國內(nèi)行業(yè)刊物上發(fā)表了“不同封口方式對產(chǎn)品穩(wěn)定性的影響”、“病酒的快速診斷”、“高端甜酒發(fā)酵中揮發(fā)酸的控制”、“加快冰酒標準的建設、促進冰酒行業(yè)健康發(fā)展”以及工廠實用型的學術報告。參與了國家原產(chǎn)地標準“通化山葡萄酒”的起草以及行業(yè)山葡萄酒標準的修訂。研制開發(fā)的產(chǎn)品獲得各項獎勵。多年來，王軍一直把打造最高端，最優(yōu)秀的甜型酒確立研發(fā)目標。從20世紀的90年代開始，就在不停地探索高端甜型酒——冰葡萄酒的葡萄種植、采摘、加工以及生產(chǎn)工藝的可行性。研究引進葡萄品種的適應性和本土葡萄生產(chǎn)冰酒的可操作性。通過多年摸索，終于在2002年研制開發(fā)并成功上市了通化雅仕樽冰酒。成為最早在國內(nèi)將冰酒推向市場的廠家之一，并且在2006年獲得了有葡萄酒奧斯卡之稱的國際烈酒、葡萄酒挑戰(zhàn)賽(IWC)銀獎，也是此次比賽唯一獲獎的冰酒產(chǎn)品。

　　2004年新華聯(lián)集團控股通化葡萄酒股份有限公司，王軍被任命為技術總監(jiān)。之前，伴隨著日趨激烈的市場競爭，企業(yè)要走出低谷和困境，唯一的出路就是開發(fā)新產(chǎn)品。王軍站在改革的前沿，審時度勢，制定了每種新產(chǎn)品的風格定位、配方策略、輔料配制、穩(wěn)定性處理等創(chuàng)新的開發(fā)思路，推出高檔山葡萄甜酒——國宴1959特制山葡萄酒、1992解百納干紅、1994解百納干紅以及高級干紅2000等16種新產(chǎn)品。2005年，王軍被新華聯(lián)集團授予“創(chuàng)新進步獎”。其中研制開發(fā)的國宴1959特制山葡萄酒在2006年獲得了有葡萄酒奧斯卡之稱的國際烈酒、葡萄酒挑戰(zhàn)賽(IWC)金獎，最重要的它也是IWC自成立以來首次榮獲金獎的非歐洲品種的葡萄酒。

　　1987年，王軍被通化葡萄酒廠任命研究室副主任；

　　1992年2月，王軍擔任通化葡萄酒廠技術副經(jīng)理；

　　1997年，通化葡萄酒廠由國有企業(yè)改制為股份制公司，王至被任命副總經(jīng)理；

　　2001年，王軍被任命為總經(jīng)理；

　　2004年，新華聯(lián)集團控股通化葡萄酒股份有限公司，被任命為技術總監(jiān)。